IRB/Amazon, base de datos de acceso libre , accesible a investigadores de todo el mundo

Expandiendo el universo de las drogas para combatir el SARS-CoV-2 .

El IRB Barcelona colabora con Amazon para desarrollar una herramienta computacional que acelere la Inteligencia artificial

3 ABR 2020    IRB/Amazon, base de datos de acceso libre , accesible a investigadores de todo el mundo

•    La herramienta está basada en la tecnología Chemical Checker, desarrollada por el Laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes del IRB Barcelona.
•    El objetivo es generar, mediante la inteligencia artificial, una base de datos de fármacos que incorpore todos los resultados científicos publicados en relación al tratamiento de la COVID-19.
•    La base de datos es de acceso libre y hará accesible a investigadores de todo el mundo un registro ampliado de moléculas para luchar contra la COVID-19.

El Chemical Checker es un recurso de similitudes químicas y biológicas de moléculas pequeñas. Las moléculas se comparan desde múltiples puntos de vista relevantes para la tubería de descubrimiento de fármacos, desde las propiedades químicas hasta los resultados clínicos.

Actualmente existen más de 10.000 artículos científicos relacionados con infecciones por coronavirus. De hecho, en las últimas semanas, la investigación para combatir la COVID-19 se ha acelerado, y se han publicado más de 4.000 nuevos artículos académicos sobre posibles vacunas, terapias y tratamientos. Procesar este volumen de información manualmente sería inmanejable para poder avanzar con la urgencia necesaria en las investigaciones.

Patrick Aloy.

El laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes del IRB Barcelona, liderado por el investigador ICREA Patrick Aloy, ha unido fuerzas con Amazon para desarrollar una herramienta computacional que acelere el proceso utilizando inteligencia artificial capaz de “leer” todos estos artículos para extraer toda la información relevante en relación a las moléculas y tratamientos estudiados.

Mediante una revisión limitada de la literatura científica más relevante, los investigadores del IRB Barcelona han identificado por el momento más de 150 compuestos potencialmente activos contra la COVID-19, con diferentes niveles de evidencia experimental. Ahora, el objetivo es encontrar otros fármacos con características similares a estos que permitan expandir el registro de moléculas de interés y aumentar las posibilidades de conseguir alguna que sea altamente efectiva. Los resultados ya están disponibles en: https://sbnb.irbbarcelona.org/covid19/.

“Actualmente, lo que necesitamos es que los grupos de investigación trabajando en tratamientos contra la COVID-19 introduzcan sus resultados” explica Patrick Aloy. “Las nuevas moléculas se incorporarán de forma automática una vez al día, y así toda la comunidad científica dispondrá de datos actualizados, que ayudarán a evitar duplicidades y generarán nuevas hipótesis de cara a encontrar un tratamiento definitivo “.

IRB/Amazon, base de datos de acceso libre , accesible a investigadores de todo el mundo      IRB/Amazon, base de datos de acceso libre , accesible a investigadores de todo el mundo

Una colaboración veloz al servicio del descubrimiento de fármacos  

El Chemical Checker es una herramienta computacional que ofrece información sobre 1 millón de moléculas con potencial farmacológico. “El objetivo del Chemical Checker es procesar y codificar datos complejos sobre los efectos que diferentes compuestos químicos generan en organismos vivos, de forma que puedan ser incorporadas en las nuevas tecnologías de inteligencia artificial”, explica Miquel Duran, investigador del grupo del IRB Barcelona y primer autor del trabajo.

En poco más de una semana, el laboratorio del Patrick Aloy y el grupo de Amazon han establecido una colaboración que ha permitido afinar esta herramienta bioinformática. “Para nosotros ha sido un placer poner la capacidad de nuestra inteligencia artificial en el procesamiento automático del lenguaje natural de textos al servicio del descubrimiento de posibles fármacos contra la COVID-19”, apunta Hugo Zaragoza, del Amazon Search Science y AI group.

Hugo Zaragoza, del Amazon Search Science y AI group.

La experiencia que Amazon tiene en text-mining, machine learning y en la comprensión del lenguaje natural ha permitido incorporar al Chemical Checker a un ritmo rápido el análisis automático de artículos científicos. “La colaboración con Amazon ha sido clave para poner en marcha esta herramienta con tanta rapidez. Hubiera sido imposible sin su capacidad de computación en la nube a través de AWS y el procesamiento de textos”, afirma Patrick Aloy.

El IRB Barcelona, comprometido con la investigación de la COVID-19

El mismo laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes también participa en el proyecto europeo RiPCoN, centrado en la identificación de las proteínas humanas que utiliza el virus para su expansión, con el objetivo de identificar fármacos (ya en el mercado, o en pruebas) que puedan modular su actividad y frenar la replicación vírica.

El IRB Barcelona también trabaja en otros proyectos relacionados con la COVID-19, tales como el desarrollo de un método diagnóstico rápido y sencillo para la detección del virus. Otra línea de investigación busca desarrollar un tratamiento en spray para la COVID-19, y otro proyecto se centra en reducir la mortalidad por COVID-19 hallando un tratamiento contra su principal causa de mortalidad: el síndrome de dificultad respiratoria aguda.

Para obtener más información sobre lo que Amazon está haciendo para clientes, comunidades y empleados, visite: https://www.aboutamazon.es/amazon-pone-en-marcha-medidas-para-ayudar-a-clientes-comunidades-y-empleados-afectados-por-el-covid-19

 

Sobre el IRB Barcelona

Creado en 2005 por la Generalitat de Catalunya y la Universidad de Barcelona, el IRB Barcelona es Centro de Excelencia Severo Ochoa desde 2011. El objetivo del IRB Barcelona es hacer investigación de excelencia en biomedicina y mejorar la calidad de vida de las personas y, en paralelo, potenciar la formación de talento, la transferencia tecnológica y la comunicación social de la ciencia. Los 25 laboratorios y siete plataformas tecnológicas trabajan para responder a preguntas básicas en biología y orientadas a enfermedades como el cáncer, la metástasis, el Alzheimer, la diabetes y enfermedades raras. Es un centro internacional que acoge alrededor de 400 trabajadores de 32 nacionalidades. Está ubicado en el Parque Científico de Barcelona. El IRB Barcelona forma parte del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST) y la red de Centros de Investigación de Catalunya (CERCA).

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